医院为1980年国务院批准的首批硕士学位授予权单位，拥有临床医学一级学科硕士学位授权点和口腔医学专业学位硕士授权点。设有临床医技科室65个，教研室21个。建有国家级重点建设学科1个，省级临床重点专科和重点培育专科各3个，校级重点学科6个。建有省级临床质控中心2个。主办国家级学术性期刊《中国临床药理学与治疗学》杂志，为中国科技核心期刊, CSCD核心版期刊。

医院高度重视医学人才培养工作，是国家级住院医师规范化培训基地、临床药师培训基地和省级全科医学师资培训基地。年主办省级以上继教项目40余项，承担皖南医学院硕士、本科生的理论实践教学任务。近三年，医院承担国家自然科学基金、省部级课题等共计257项；发表学术论文1468篇，SCI收录论文152篇；获省、市科学技术奖13项，科研能力显著提升。

医院建有华东地区规模最大的血液净化中心和省内一流的生殖医学中心、内镜中心、健康管理中心。拥有PET-CT、3.0T磁共振、双源CT等先进诊疗设备。近年来，医院大力推进医疗技术创新，完成皖南地区首例“造血干细胞移植术”，诞生了首例“试管婴儿”，创造了多项区域第一。各类复杂心脑血管疾病介入诊疗技术、消化内镜诊疗技术、复杂颅内肿瘤切除手术、脊柱退行性疾病系统化治疗技术、心脏及胸腹盆腔腔镜下的微创手术，感染性疾病科、手足踝外科、小儿外科诊疗技术，以及危急重症救治技术达到省内领先水平，形成了以微创治疗为特色,各项高新医疗技术共同发展的诊疗体系。

皖医弋矶山医院坚守“绿色医院•人文关爱”的办院理念，重医德、精医术、勤医务、严管理，为患者提供了高品质、高效率、低费用的就医服务，患者满意度、信任度显著提升，省内外慕名前来寻医问诊的患者日益增多，2016年门急诊量185万人次、住院9.2万人次、手术3.6万台次，数以万计的患者从皖南医学院弋矶山医院康复，走向新的生活。

“十三五”期间，医院确立了未来五年逐步建设成为综合实力省内领先、具有国内较高水平的省级区域综合性医学中心的发展目标。面对新形势和新任务，医院将传承百年办院传统，继往开来、励志践行，奋力谱写“十三五”事业发展新篇章。