鱼台县保健院位于县城内湖陵一路东、鱼新二路南，该院于1989年7月经县政府批准，由县妇幼保健站更名为妇幼保健所，由股级建制升格为副科级。1995年6月，经县政府批准，更名为妇幼保健院。2004年2月，根据上级文件精神，县级妇幼保健院应当与同级综合医院规格相等，县编委批准，县妇幼保健院升格为正科级。

2008年，妇幼保健院设14个科室，有妇产科、内儿科、中医科、放射科、生殖科、外科、社防科、婚检科、功能科、药剂科、护理科、检验科、财务科、办公室。

2019年4月1日，山东省妇幼保健院（集团）与鱼台县妇幼保健院合作签约仪式暨全省基层医疗卫生机构妇幼保健服务能力提升培训班在鱼台县会议中心举行。省妇幼保健院副院长樊云井、济宁市卫生健康委党委委员、中医药管理局专职副局长王太晗、县政府副县长张华山等出席会议。县卫生健康局局长张峰主持会议。

仪式结束后，本院周凤荣等6位专家为微山县、金乡县、嘉祥县、市经济开发区妇幼保健服务相关人员约1000余人进行了“母婴传播与母乳喂养”“儿童健康管理”“男性生殖健康”“宫颈癌筛查与一级预防”“孕产妇健康管理”“孕前优生保健与不孕不育”等方面的培训，有关专家到县妇幼保健院现场坐诊。