眼科于1942年4月12日设立（附属五官科），1979年独立建科.经过几代眼科医护人员的努力，形成了理论基础扎实、工作态度严谨、临床科研教学并进的建科传统，成为专业齐全，临床技术突出，设备先进，集医疗、教学、科研为一体的专病科室。

病房设置60张床，科内拥有一支理论基础扎实，临床经验丰富，教学能力强的人才梯队，学科年龄结构合理。分为白内障，青光眼，眼底病，斜弱视，眼眶病，眼表疾病，葡萄膜炎，神经眼科等多个亚专业，另设有眼科专用动物实验室及自治区人民医院眼库。医护技人员共45人，其中主任医师4人，副主任医师2人，中级职称6人，初级职称3人。硕士研究生学历7人，在读博士2人。年门、急诊量5万余人，年均住院病人2500人次，年手术量约3000人次。

眼科设备齐全，现有进口ZESS,LICA等先进手术显微镜4台，以及配套齐全的显微手术器械：美国最先进的Constallation玻璃体切割仪；美国ALCON公司的Infiniti白内障超声乳化机、氩激光、YAG激光治疗机；半导体激光仪；TOPCON眼底荧光造影、吲哚青绿造影仪；眼电生理检查仪；HUMPHREY-11型自动视野； TOPCON3DOCT-1000;TOPCON非接触眼压计；同视机；TOPCON电脑验光仪等全套先进诊疗仪器。

该科临床开展诊治项目包括各种眼科常见病及眼科疑难病。在准分子激光近视眼手术、白内障超声乳化、眼底病、眼外伤、青光眼、角膜移植、激光诊疗等领域尤有特长。特别是眼后段玻璃体视网膜手术，复杂青光眼引流钉，引流阀手术，由波前像差仪引导的准分子激光手术；复杂白内障（先天性白内障，外伤性白内障，小瞳孔下行白内障摘除术等）的手术治疗，术后疗效显著。另外眼部肿瘤及各种眼外伤的治疗、眼病激光治疗，眼前段疾病的激光治疗，新生儿视网膜病变的筛查；角膜移植手术；眼肌病的诊治及手术治疗；干眼病筛查、诊断与治疗等也是本科的特色。该科医疗服务质量优质可信。

目前，该院眼科是新疆医科大学，石河子大学医学院的教学医院。共有3名硕士研究生导师。荣获自治区科技进步奖二等奖一项，自治区科技进步三等奖2项。而且还是新疆眼科显微手术培训基地。每年举办两期显微手术培训学习班。同时还是国际眼科医师考试定点医院及自治区防盲治盲办公室。